Het Noorderpolderhuis ligt aan de Molendijk ten noorden van Schermerhorn. Het pand bestaat uit een houten woning voor de opzichter-bewaarder (17e eeuws en later) en een gemetselde herenkamer (18e eeuws). Ten zuiden van het Noorderpolderhuis ligt een houten schuur. Op het terrein bevindt zich daarnaast ten noorden van het polderhuis een timmerloods met daarin een zaal met kegelbaan, magazijnen en werkplaats
Fase 0 (1635-1640): Bouw van de houten dienstwoning kort na drooglegging voor molentimmerbaas.
• Fase 1 (midden/eind achttiende eeuw): In 1744 koopt het waterschap het huis. Rond 1751-1752 wordt de gemetselde herenkamer gebouwd met een luxe interieur voor vergaderingen en maaltijden van het polderbestuur. De hal met marmeren trap verbindt herenkamer en dienstwoning. De timmerschuur met kegelbaan wordt vermoedelijk in deze periode of kort daarna gebouwd; dendrochronologisch onderzoek dateert de kegelbaanconstructie na 1790.
• Fase 2 (negentiende en begin twintigste eeuw): Het complex bestaat uit herenkamer, dienstwoning, timmerwerkplaats met kegelbaan en schuurtje. De gevels van de herenkamer worden gemoderniseerd met pleisterwerk en nieuwe ramen. Aanpassingen aan dienstwoning en aanbouwen vinden plaats. Het terrein fungeert als houtopslag voor molenonderhoud. In 1928/29 worden molens vervangen door elektrische gemalen.
• Fase 3 (1950-1953): Restauratie van het pand vanwege verval, uitgevoerd onder leiding van architect IJsbrand Kok en technisch ambtenaar Krijnse Locker. Fundering wordt vernieuwd, gevels hersteld, dakruiter toegevoegd, interieur rijker afgewerkt met imitatiegoudleer, tegeltableaus en lambrisering. Woning wordt gemoderniseerd, aanbouw ingekort.
• Fase 4-9 (1964-heden): Diverse aanpassingen en uitbreidingen aan timmerloods, dienstwoning en kantoor. In 1964 wordt een garagewerkplaats gebouwd, in 1967 wordt de dienstwoning verbouwd met nieuwe keuken, wc en douche. De timmerloods wordt in 1968 aangepast en in 1974 uitgebreid. In 1970 wordt een kantoor toegevoegd en het schuurtje vergroot. In de jaren 80 wordt een nieuwe machineberging geplaatst. In de jaren 90 vinden verdere verbouwingen plaats, waaronder zolderindeling en voorzieningen. In 2019 is het laatste grootschalige herstel uitgevoerd.