Merestrateegia raamdirektiivi (MSRD) kohaselt on vajalik liikmesriikidel viia merealal läbi keskkonnaseisundi hindamine, mis hõlmab merepõhja füüsikalisi ja keemilisi, elupaigatüüpide ja elupaikadega seotud bioloogiliste koosluste omadusi ning hüdromorfoloogiat (EL direktiiv 2008/56/EÜ). MSRD kohaselt on vajalik keskkonnaseisundi hindamine läbi viia vastavalt üldistele merepõhja elupaiga põhitüüpidele (broad habitat type (BHT)). Liikmesriigid võivad piirkondliku või allpiirkondliku koostöö kaudu valida vastavalt liikide ja elupaikade valimise spetsifikatsioonides esitatud kriteeriumidele hindamiseks täiendavad elupaigatüübid, mis võivad hõlmata direktiivis 92/43/EMÜ looduslike elupaikade ning loodusliku taimestiku ja loomastiku kaitse kohta (loodusdirektiiv, LD) või rahvusvahelistes lepingutes (nt piirkondlikud merekonventsioonid) loetletud elupaigatüüpe (EL komisjoni otsus 2017/848). Loodusdirektiivist lähtub Euroopas looduskaitseliselt oluliseks peetavate elupaikade levila ja pindala hindamise kohustus. Euroopa parlamendi ja nõukogu direktiivi 2000/60/EÜ (veepoliitika raamdirektiiv, VRD) üheks eesmärgiks on kaitsta rannikumere seisundit ning direktiiv sätestab pinnavee seisundi seire bioloogiliste kvaliteedielementide (sh põhjataimestik ja -loomastik) abil.