To determine the role of the global regulator ppGpp, the genes relA and spoT were deleted from the Adherent-Invasive Escherichia coli strain LF82 and the commensal strain MG1655. The ppGpp-deficient strains were named ppGpp0. Intestinal epithelial cells I-407 were infected with the the two strains (LF82 and MG1655), as well as their ppGpp-deficient mutants (LF82 ppGpp0 and MG1655 ppGpp0) and RNA was isolated from the fraction of bacteria attached to the cells (cellular fraction) and to the free-living bacteria (supernatant). The RNA was isolated from 3 biological replicates, and sequenced. In this file, you can find the calculated number of reads mapped for each genetic feature

Para determinar el papel del regulador global ppGpp, se eliminaron los genes relA y spoT de la cepa de Escherichia coli adherente-invasiva LF82 y de la cepa comensal MG1655. Las cepas deficientes en ppGpp se denominaron ppGpp0. Se infectaron células epiteliales intestinales I-407 con ambas cepas (LF82 y MG1655), así como con sus mutantes deficientes en ppGpp (LF82 ppGpp0 y MG1655 ppGpp0), y se aisló el ARN tanto de la fracción de bacterias adheridas a las células (fracción celular) como de las bacterias de vida libre (sobrenadante). El ARN se aisló a partir de tres réplicas biológicas y se secuenció. En este archivo se presenta el número calculado de lecturas mapeadas para cada elemento genético.

Per determinar el paper del regulador global ppGpp, es van eliminar els gens relA i spoT del cep de Escherichia coli adherent-invasiva LF82 i del cep comensal MG1655. Els ceps deficients en ppGpp es van anomenar ppGpp0. Es van infectar cèl·lules epitelials intestinals I-407 amb els dos ceps (LF82 i MG1655), així com amb els seus mutants deficients en ppGpp (LF82 ppGpp0 i MG1655 ppGpp0), i es va aïllar l'ARN tant de la fracció de les bacteries vida lliure (sobrenadant). L'ARN es va aïllar a partir de tres rèpliques biològiques i es va seqüenciar. En aquest fitxer es presenta el nombre calculat de lectures mapejades per a cada element genètic.

Trimmomatic, 0.39

htseq-counts, 0.13.5

STAR, 2.7.8a