In 1979 en 1980 vonden grootschalige opgravingen plaats op twee locaties aan de Markerwaardweg in Opperdoes. De Rijksdienst voor het Oudheidkundig Bodemonderzoek besloot tot het doen van deze opgravingen omdat archeologische vondsten bedreigd werden door grootschalige ruilverkavelingen in West-Friesland. De opgravingen, Opperdoes-Noord en Opperdoes-Zuid, leverden een enorm aantal grondsporen en vondsten op die nu zijn uitgewerkt en gepubliceerd. De opgravingen van Opperdoes leveren belangrijke nieuwe inzichten op over het leven van laat-prehistorische gemeenschappen in de dynamische omgeving van West-Friesland.

Uit de analyse van de archeologische vondsten blijkt dat men in de late prehistorie zo’n 1500 jaar aansluitend in Opperdoes heeft geleefd, in een regio die door de invloed van het water flinke uitdagingen kende. Zo werd in Opperdoes-Zuid een bijzondere huisplattegrond ontdekt uit de Midden-Bronstijd (omstreeks 1700 v. Chr.) van een ruim 20 meter lange boerderij. Dit is de oudste bronstijdplattegrond uit West-Friesland die tot nu toe gevonden is.

Tussen ca. 1200 en 1000 v. Chr. (Midden-Bronstijd en begin Late Bronstijd) wordt het steeds natter in de regio West-Friesland doordat een open verbinding met de zee (nabij het huidige Bergen) dicht is geraakt. Er ontstaat daardoor een uitgestrekt hoogveen. Er worden in deze tijd huisplaatsen ingericht omgeven door een greppelsysteem dat vrij strak om de boerderijen heen was gegraven.

Ook uit latere tijd stammen veel sporen van greppelsystemen. Zo zijn in Opperdoes-Zuid uit de periode tussen 1000 en 800 v. Chr. binnen een indrukwekkende omgreppeling sporen van twee boerderijen teruggevonden. Na enkele generaties zonder bewoning zijn het mensen van Wieringen en Texel die in de Vroege IJzertijd (800-500 v. Chr.) naar Opperdoes trekken. Dit kan worden afgeleid uit de resten van aardewerk. Uit deze periode werden vele kuilen en diepe waterputten op de terreinen gevonden.

Na deze periode bleef het gebied lange tijd onbewoond, vermoedelijk doordat de omgeving te nat werd voor bewoning. Enkele eeuwen later, zo rond 200 v. Chr., wordt het gebied op grote schaal in cultuur gebracht. De omgeving van Opperdoes is dan nog steeds waterrijk, maar op de goed ontwaterde hoogte van Opperdoes was het kennelijk nog steeds goed toeven.