In totaal zijn bijna 16.000 botten en botfragmenten geteld en bestudeerd, met een gezamenlijk gewicht van meer dan 30 kilogram. Van het totale aantal bestudeerde botten was ca. 79% niet aan een specifieke soort toe te wijzen, waarbij de niet nader te determineren vogelbotten de grootste categorie vormden met 53%. Als naar het gewicht van het totale onderzochte bot wordt gekeken, was ca. 35% niet tot op de soort te determineren. De conservering van het botmateriaal liep uiteen van goed tot heel slecht.
De neolithische nederzetting bij Ypenburg is in veel opzichten een bijzondere vindplaats. Het is de eerste vindplaats in het kustgebied waar een neolithische nederzetting met een grafveld is aangetroffen. Er zijn opvallend veel wilde dieren gevonden, waarbij de hoeveelheid vogels er echt uitschiet. De vogels en de vissen die op Ypenburg zijn gevonden vallen op door hun formaat. Een aantal diersoorten, zoals de kraanvogel, is in relatief grote hoeveelheden aanwezig.
