CabriTrack: Accelerometer data for automated behavioural monitoring of grazing goats

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This dataset contains annotated acceleration data of goats grazing outdoors. We used 59 different Creole goats that were equipped with a tri-axial accelerometer of the brand Axivity, model AX3. Two to five animals were set up at the same time inside an experimental field, each animal having an accelerometer located on the horn. The accelerometer was located on the inside of the left horn (for an observer located at the back of the animal). The X axis is along the horn, the Y axis along the back of the animal, and the Z axis perpendicular and on the same plane as the Y axis. Accelerometers recorded the acceleration with a frequency of 25Hz. Animals were monitored with a CCTV camera for subsequent data annotation. Videos were later manually analyzed with the software Boris to label the activity of each animal. Five different behaviors were considered: grazing, ruminating/chewing, displacement, resting, and other. Grazing is when the animal is either with the head down collecting forage or head up chewing. Chewing sequences that lasted less than 5 seconds were labeled as grazing. When chewing sequences lasted more than 5 seconds, they were labeled as ruminating/chewing. Ruminating/chewing thus included chewing sequences of more than 5 seconds, as well as any regular rumination sequences, with the jaw moving. During rumination sequences, the jaw can stop moving for some time. When it stopped for less than 3 seconds, the sequence was still labeled as ruminating. When the sequence stopped for more than 3 seconds, it was labeled as resting. Resting is used for all the sequences where the animal has no activity, either lying on the ground or standing, with the head up or down. Note that alert behavior, with the head of the animal moving rapidly in different directions, was not labeled as resting. Displacement is when the animal explores the field, walking or running. Transitions between postures were also accounted for in displacement, such as when the animal moves from standing to lying or from lying to standing. The dataset is composed of more than 144 hours of annotated behavior from 59 different animals. It contains 12,756,669 lines and 8 columns, each line being an acceleration data point with the metadata. The first column, Time, is the timestamp of the data point. The Animal_id column is the ID of the animal from which the data were acquired. We did not use the national identification number, but instead integers from 1 to 59. The Behaviour column gives the labeled behavior for the sequence, with values in {Displacement, Grazing, Ruminating_Chewing, Other, Resting}. The Behaviour_num column gives the behavior of the sequence as an integer, with the same order used in the previous list (e.g., 1 for Displacement). The columns X, Y, and Z give the acceleration value for the corresponding axis. The Sequence_num is used to identify the behavior sequences. Lines of the dataset with the same Sequence_num are from the same behavior sequence, i.e., they are from consecutive timestamps, from the same animal, and with the same behavior.

Ce jeu de données contient des données d'accélération annotées de chèvres Créoles au pâturage. Nous avons utilisé 59 chèvres différentes équipées d'un accéléromètre tri-axial de la marque Axivity, modèle AX3. Deux à cinq animaux étaient équipés en même temps dans une parcelle expérimentale, chaque animal ayant un accéléromètre fixé sur la corne. L'accéléromètre était situé à l'intérieur de la corne gauche (pour un observateur placé à l'arrière de l'animal). L'axe X est le long de la corne, l'axe Y le long du dos de l'animal, et l'axe Z est perpendiculaire et sur le même plan que l'axe Y. Les accéléromètres enregistraient l'accélération à une fréquence de 25 Hz. Les animaux étaient surveillés avec une caméra de vidéosurveillance pour une annotation ultérieure des comportements. Les vidéos ont ensuite été analysées manuellement avec le logiciel Boris afin de marquer le comportement de chaque animal. Cinq comportements différents ont été pris en compte : pâturage, rumination/mastication, déplacement, repos et autre. Le pâturage correspond à l'animal soit avec la tête baissée en train de ramasser de la nourriture, soit avec la tête relevée en train de mâcher. Les séquences de mastication durant moins de 5 secondes étaient annotées comme du pâturage. Lorsque les séquences de mastication duraient plus de 5 secondes, elles étaient annotées comme rumination/mastication. La rumination/mastication incluait donc les séquences de mastication de plus de 5 secondes, ainsi que les séquences de rumination régulière, avec des mouvements de la mâchoire. Pendant les séquences de rumination, la mâchoire peut s'arrêter de bouger pendant un certain temps. Si elle s'arrêtait pendant moins de 3 secondes, la séquence était toujours annotée comme rumination. Si l'arrêt durait plus de 3 secondes, la séquence était annotée comme repos. Le repos est utilisé pour toutes les séquences où l'animal n'a aucune activité, qu'il soit couché ou debout, la tête baissée ou relevée. Il est à noter que le comportement d'alerte, avec la tête de l'animal bougeant rapidement dans différentes directions, n'était pas annoté comme repos. Le déplacement correspond à l'exploration de la parcelle par l'animal, en marchant ou en courant. Les transitions entre les postures étaient également prises en compte dans le déplacement, comme lorsque l'animal passe de la position debout à la position couchée, ou inversement. Le jeu de données est composé de plus de 144 heures de comportements annotés provenant de 59 animaux différents. Il contient 12 756 669 lignes et 8 colonnes, chaque ligne correspondant à un point de données d'accélération avec les métadonnées. La première colonne, Time, est l'horodatage du point de données. La colonne Animal_id est l'identifiant de l'animal à partir duquel les données ont été acquises. Nous n'avons pas utilisé le numéro d'identification national, mais plutôt des entiers allant de 1 à 59. La colonne Behaviour indique le comportement annoté pour la séquence, avec des valeurs parmi {Déplacement, Pâturage, Rumination_Mastication, Autre, Repos}. La colonne Behaviour_num donne le comportement de la séquence sous forme d'entier, dans le même ordre que la liste précédente (par exemple, 1 pour Déplacement). Les colonnes X, Y et Z donnent la valeur d'accélération pour l'axe correspondant. La colonne Sequence_num est utilisée pour identifier les séquences comportementales. Les lignes du jeu de données ayant le même Sequence_num proviennent de la même séquence comportementale, c'est-à-dire qu'elles proviennent de points de données consécutifs, du même animal, et avec le même comportement.

Boris, 8

Identifier
DOI https://doi.org/10.57745/CYF9QW
Metadata Access https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.57745/CYF9QW
Provenance
Creator Bonneau, Mathieu
Publisher Recherche Data Gouv
Contributor Bonneau, Mathieu; Faillot, Laura; Troupe, Willy; INRAE; Entrepôt-Catalogue Recherche Data Gouv
Publication Year 2024
Funding Reference Agence nationale de la recherche ANR-22-CE32-0005
Rights etalab 2.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; https://spdx.org/licenses/etalab-2.0.html
OpenAccess true
Contact Bonneau, Mathieu (INRAE)
Representation
Resource Type Dataset
Format text/plain
Size 867745990
Version 2.1
Discipline Agriculture, Forestry, Horticulture; Computer Science; Agricultural Sciences; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture and Veterinary Medicine; Life Sciences