De brutales variations de salinité, intenses et répétées, peuvent être nuisibles au bon fonctionnement des organismes marins. Toutefois, les prélèvements mensuels tels que prescrits par la DCE ne permettent pas de suivre la durée et la fréquence d’éventuelles dessalures. L’indicateur de qualité salinité a donc été déclaré non pertinent par les experts dans les masses d’eau côtières et de transition dans le cadre du programme de surveillance DCE. Néanmoins, ce paramètre est mesuré systématiquement lors des sorties en mer, afin d’appuyer l’interprétation des autres paramètres hydrologiques (nutriments et oxygène dissous) et biologiques.