Le référentiel des lieux du Système d’Informations Halieutiques est divisé en 3 catégories : les lieux à terre, les zones en mer et les zones réglementaires en mer. Chacune d’elle est organisée hiérarchiquement. Il existe 93 niveaux de lieux dans Harmonie : une fiche de métadonnées existe pour chacun d’entre eux avec, lorsqu’elle existe, une couche géographique.