Le phytoplancton figure parmi les éléments de qualité biologiques retenus pour la classification de l'état écologique des masses d’eaux littorales, c’est à dire les eaux côtières et les eaux de transition non turbides. Il est évalué à partir de trois composantes : biomasse, abondance et composition selon les termes mêmes de la DCE.

L’évaluation la plus récente de l’état des masses d'eau pour cet élément de qualité est présentée dans l’atlas DCE Loire-Bretagne. Les états antérieurs sont accessibles dans des archives annuelles.