Georeferenced, dendrometric and genotypic data for 1333 Pinus nigra ssp. salzmannii trees from native populations in France and Europe

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++++++++ English below +++++++++++ Le pin de Salzmann ( Pinus nigra ssp salzmannii) est une sous espèce de pin noir endémique en France et en Espagne, dont l'habitat est protégé dans le cadre de Natura 2000 (Habitat 9530 - Pinèdes (sub)méditerranéennes de pins noirs endémiques). Un programme de recherche a été porté en France à partir de 2008 par INRAE (Unité de recherches Ecologie des Forêts Méditerranéennes), sous l'égide de la région Occitanie (anciennement Languedoc-Roussillon), de l'Office National de Forêts, de la Commission Nationale Ressources Génétiques Forestières (https://crgf.inrae.fr/crgf/), pour caractériser la diversité génétique de ce taxon et en entreprendre la sauvegarde. Cette archive est constituée de deux séries de deux fichiers.

La première série contient le fichier "Genotypes_data" et le fichier "Genotypes_metadata". Le fichier "Genotypes_data" contient les données de génotypage microsatellites (13 locus) d'arbres de l'espèce Pinus nigra et de ses sous-espèces, qui ont été utilisés pour caractériser l'originalité génétique du pin de Salzmann. Les 678 génotypes listés sont à la base des analyses de l'article "A comprehensive strategy for the conservation of forest tree genetic diversity: an example with the protected Pinus nigra subsp. salzmannii (Dunal) Franco in France.", par C. Scotti-Saintagne, A. de Sousa Rodrigues, A. Roig, B. Fady (INRAE, URFM, Avignon, France, soumis pour publication à la revue Conservation Genetics. Le fichier "Genotypes_metadata" renseigne l'intitulé des colonnes du fichier "Genotypes_data".

La seconde série contient le fichier "Phenotypes_data" et le fichier "Phenotypes_metadata". Le fichier "Phenotypes_data" contient des données de localisation, de dendrologie et d'âge d'arbres de la sous-espèce Pinus nigra salzmannii, étudiés dans le même article soumis à Conservation Genetics pour leur valeur en conservation. Les intitulés des colonnes des 1333 individus listés sont décrits dans le fichier "Phenotypes_metadata".

+++++++ Salzmann's pine ( Pinus nigra ssp salzmannii) is a subspecies of black pine endemic to France and Spain, whose habitat is protected under Natura 2000 (Habitat 9530 - Endemic (sub)Mediterranean black pine forests). A research program to characterize and conserve the genetic diversity of this taxon has been carried out in France during the period 2008-2016 by INRAE (Research Unit Ecology of Mediterranean Forests), with the financial support of the Occitanie Region (formerly Languedoc-Roussillon) and the National Forest Office (ONF), and with guidance from the National Commission on Forest Genetic Resources (https://crgf.inrae.fr/crgf/). This archive consists of two series of two files each. The first set contains the "Genotypes_data" file and the "Genotypes_metadata" file. The "Genotypes_data" file contains the microsatellite genotyping data (13 loci) of trees of the species Pinus nigra and its subspecies, which were used to characterize the genetic originality of Salzmann's pine. The 678 genotypes listed were used for the analyses in the article ""A comprehensive strategy for the conservation of forest tree genetic diversity: an example with the protected Pinus nigra subsp. salzmannii (Dunal) Franco in France." (by C. Scotti-Saintagne, A. de Sousa Rodrigues, A. Roig, B. Fady INRAE, URFM, Avignon, France) submitted for publication to the journal Conservation Genetics. The "Genotypes_metadata" file contains the column headings and a description of column contents of the "Genotypes_data" file. The second set contains the "Phenotypes_data" file and the "Phenotypes_metadata" file. The "Phenotypes_data" file contains location, dendrology, and age data for trees of the subspecies Pinus nigra salzmannii, which were studied for their conservation value in the same paper submitted to Conservation Genetics. The column headings and the description of column contents of the 1333 individuals listed, are described in the "Phenotypes_metadata" file.

Identifier
DOI https://doi.org/10.57745/QTGYY8
Related Identifier IsCitedBy https://doi.org/10.1007/s10592-023-01581-8
Metadata Access https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.57745/QTGYY8
Provenance
Creator Fady, Bruno ORCID logo; Scotti-Saintagne, Caroline ORCID logo; Roig, Anne; Touhami, Nasradin; Lingrand, Matthieu; Rei, Franck; Turion, Norbert; Gilg, Olivier; Jean, Frédéric; Corréard, Marianne; Clastre, Philippe
Publisher Recherche Data Gouv
Contributor Fady, Bruno; Scotti-Saintagne, Caroline; Ecologie des Forêts Méditerranéennes; Entrepôt-Catalogue Recherche Data Gouv
Publication Year 2023
Funding Reference Office National des Forêts - DT Méditerranée
Rights etalab 2.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; https://spdx.org/licenses/etalab-2.0.html
OpenAccess true
Contact Fady, Bruno (INRAE); Scotti-Saintagne, Caroline (INRAE)
Representation
Resource Type Dataset
Format text/tab-separated-values
Size 133558; 1428; 2178; 173977
Version 2.1
Discipline Geosciences; Life Sciences; Earth and Environmental Science; Environmental Research; Medicine; Natural Sciences