Replication data for: "An easy-to-use pipeline to analyze amplicon-based Next Generation Sequencing results of human mitochondrial DNA from degraded samples"

DOI

The dataset contains the raw data, in FastQ format, of the sequences used to optimize the script "NCR-mtDNA_ampliconbasedngs", available in the GitHub repository named "DanielRCA/NCR-mtDNA_ampliconbasedngs". The dataset includes 163 samples (15 present-day samples and 148 ancient samples from before the 20th century). For each sample, there are two FastQ files, as the sequencing was performed in a paired-end format.

Identifier
DOI https://doi.org/10.34810/data1541
Metadata Access https://dataverse.csuc.cat/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.34810/data1541
Provenance
Creator Cuesta-Aguirre, Daniel R. ORCID logo; Malgosa Morera, Assumpció ORCID logo; Pereira Dos Santos, Cristina Maria ORCID logo
Publisher CORA.Repositori de Dades de Recerca
Contributor Pereira Dos Santos, Cristina Maria; Universitat Autònoma Barcelona
Publication Year 2024
Funding Reference Ministerio de Ciencia e Innovación PGC2018-096666-B-100 ; Agencia Estatal de Investigación PID2022-136748NB-I00 ; Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2020/FI_B1 00641 ; Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2017/SGR-1630 ; Agència de Gestió d'Ajuts Universitaris i de Recerca 2021/SGR-00186
Rights CC0 1.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; http://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0
OpenAccess true
Contact Pereira Dos Santos, Cristina Maria (Universitat Autònoma de Barcelona. Departament de Biologia Animal, de Biologia Vegetal i d'Ecologia)
Representation
Resource Type Genomic data; Dataset
Format application/gzip; text/plain
Size 5446376; 6288145; 6848502; 8132952; 2654370; 3127983; 4573682; 5097396; 7550315; 8659896; 4083266; 4638345; 1246992; 1489113; 3451622; 4182383; 3262420; 3984620; 2072498; 2529872; 7163503; 8546636; 3356090; 4025887; 2899887; 3549844; 3354570; 4122656; 2426069; 2787370; 2990197; 3482897; 3966459; 4826132; 2550482; 3103866; 2512816; 2928677; 2156859; 2488673; 2458631; 2969022; 3009717; 3858204; 3039474; 3470077; 2538216; 3021526; 2176221; 2551027; 2516992; 2955178; 2011735; 2427567; 2852371; 3393845; 2187813; 2659508; 2309110; 2764968; 1663587; 2050288; 1484701; 1768580; 6101179; 7017676; 1790841; 2023159; 2854031; 3266468; 3972962; 4555619; 5011459; 6283107; 4483471; 5319480; 5338818; 6585274; 4619425; 5516909; 5288981; 6309055; 4822569; 5785920; 4493489; 5650362; 1969601; 2169646; 4126087; 4957916; 5325504; 6583144; 4593679; 5589342; 6096729; 7287810; 5040321; 5598874; 3906108; 4631495; 3965206; 4585175; 4184102; 5142620; 4175013; 4895485; 4749436; 6062476; 844068; 1007247; 4405430; 5396121; 5621074; 6988828; 3349761; 4215773; 2071773; 2386935; 2016701; 2243162; 3595912; 4470146; 6320377; 7611201; 6389805; 7637270; 7831925; 8895328; 8812860; 10273314; 4902728; 5942074; 8537346; 10280816; 8033674; 10492725; 1279810; 1512438; 1837757; 2256649; 4744691; 5619381; 3556608; 4336568; 2699183; 3229029; 3605255; 4260592; 3254167; 3826613; 5166189; 5843772; 2324482; 2672076; 2698647; 3166139; 2148950; 2642678; 1729548; 1961388; 1791457; 2077234; 663435; 724666; 493603; 531191; 5459302; 6274506; 1778639; 2264888; 3171267; 3501173; 8153482; 9868140; 3796317; 4718055; 5287937; 6374472; 4350573; 5444835; 6810996; 8316139; 5456466; 6182883; 4777349; 5526313; 1751789; 2071374; 5153154; 6250980; 5948735; 6564279; 1350792; 1690660; 8696902; 10061351; 5422769; 6108408; 4507865; 5280284; 6047760; 6853817; 5612086; 6836357; 3565829; 3922507; 5296862; 6273693; 5258846; 6199627; 4135801; 4997747; 6194487; 6947994; 1305656; 1708974; 2741888; 2994238; 3706475; 4370108; 4585785; 5233650; 4874929; 5798734; 4048978; 4614346; 3475585; 3942899; 5683345; 6438817; 3750126; 4417309; 6505840; 7567331; 7886474; 9163729; 3723662; 4508756; 3027683; 3788761; 5763382; 6533037; 3822318; 4427989; 3058003; 3621469; 4790275; 5245769; 4749293; 5308404; 4624774; 5412897; 4189736; 4796017; 1433586; 1709565; 2087089; 2363480; 3623310; 4097289; 3855487; 4549093; 3811164; 4521064; 3035824; 3690852; 4479004; 5255023; 3966655; 4775451; 12449756; 14548161; 1558786; 1914622; 2473144; 2956802; 2264862; 2591165; 2834646; 3262178; 2363624; 2589896; 5873090; 6886436; 3334197; 4020122; 4569675; 5241553; 5526364; 6430133; 5039957; 5946660; 7356850; 8507067; 4160035; 4846060; 4259342; 4980410; 6128957; 6800578; 8909675; 10031144; 2666415; 3266444; 7268130; 8153437; 9372230; 10973285; 9185813; 10272560; 8395370; 9456583; 7337817; 8753584; 7822838; 8791545; 5631633; 6641053; 5246566; 6079470; 3255180; 3886095; 3218626; 3747921; 1933606; 2274127; 11275
Version 1.0
Discipline Life Sciences; Medicine