Assessing varietal homogeneity in pooled samples of cross-pollinated crops using genetic markers

DOI

Allele frequencies : allele_frequencies_sampleswithless10000NA_SNPwithless100NA

Raw data sequences : Four diploid varieties of perennial ryegrass : Aberavon (ABER), Clerpin (CLERP), Mara (MARA) and Medea (MEDEA), have been genotyped by sequence-capture both indivdually (1-64 ) with two replicates (1-2) and in pools (B for bulk) with 5 replicates (1-5) in paired-end (1 forward and 2 reverse). For example: - ABER001_1.1 : individual 1 of Aberavon replicate 1 sequence forward - ABER_B_3.2 : pool of Aberavon replicate 3 sequence reverse

Identifier
DOI https://doi.org/10.57745/ETSZVF
Metadata Access https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.57745/ETSZVF
Provenance
Creator Barre, Philippe (ORCID: 0000-0003-1466-138X)
Publisher Recherche Data Gouv
Contributor Barre, Philippe; Entrepôt-Catalogue Recherche Data Gouv
Publication Year 2025
Rights etalab 2.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; https://spdx.org/licenses/etalab-2.0.html
OpenAccess true
Contact Barre, Philippe (INRAE)
Representation
Resource Type Dataset
Format application/x-gzip; application/octet-stream
Size 10964110; 11009099; 28050038; 28956100; 16520527; 17132695; 26299287; 27312808; 23924080; 24675511; 30221845; 31362816; 34090926; 36219577; 36477432; 38209971; 17987174; 18721685; 25713804; 26767635; 18699695; 19353932; 30676650; 31795555; 16483295; 17076969; 22196136; 22895856; 20184297; 21029777; 27037908; 27906739; 22679331; 23454787; 32099262; 32881837; 12109174; 11959439; 27040199; 27934500; 26730519; 27460789; 28831804; 29871544; 26069525; 27262405; 33866307; 35501927; 24772225; 25700526; 28514206; 29592790; 28355941; 29347224; 33947746; 35010809; 22172488; 22927813; 26654693; 27571522; 24662277; 25798103; 27281909; 28323798; 29403331; 30282324; 33710147; 34627454; 27667150; 28166482; 29857775; 30639471; 14797785; 14051185; 35673818; 36464075; 31917639; 33296195; 33957333; 35123413; 30207961; 31236438; 30590450; 31653901; 35117702; 36037063; 42452721; 43485727; 22936499; 23543790; 28990175; 29628006; 24618536; 25383174; 27421755; 28293003; 26682618; 27330964; 37605037; 38480874; 33401724; 34044884; 25162258; 25699516; 15860769; 15592625; 24678743; 25402441; 41300857; 42013465; 28820062; 29469494; 26742426; 27386419; 15991298; 16374256; 24802962; 25516768; 18193961; 18662650; 15192654; 15561263; 14856827; 15245523; 15006841; 15472188; 18128546; 18673017; 13983525; 14451811; 20488599; 21546633; 11464694; 11454109; 19808043; 20634607; 21149152; 21709691; 17617711; 18214593; 15598239; 15974357; 14984662; 15516615; 16847311; 17454898; 27580559; 28258321; 17007578; 17557712; 32567020; 33462832; 14886423; 15954946; 35140434; 36613592; 8388696; 8539690; 27668049; 28582966; 16336244; 17053709; 27525557; 28419047; 34901531; 36042153; 24913710; 25588253; 20488412; 21144881; 10868331; 10474988; 34407608; 35261865; 21887921; 22362904; 37440210; 38992436; 33219511; 34228818; 30600252; 31802643; 24925290; 25796821; 17477420; 17201302; 37589934; 38575416; 22301807; 22931354; 24943377; 25731185; 22788943; 23522601; 23475098; 24357749; 39584745; 40696404; 25998236; 26469813; 23459597; 24045151; 18959596; 19150819; 25925321; 26410179; 6302071; 5934852; 30528802; 31610949; 16465865; 16983468; 22593367; 23329171; 13392433; 13819594; 24436913; 25148131; 17752451; 18099751; 11682559; 11489744; 16491123; 16833918; 24125444; 24954841; 21243259; 21852990; 13270687; 13808909; 24256113; 24909983; 24609370; 25297202; 28632292; 29222556; 16928656; 17419543; 101600859; 22746870; 23624710; 30401948; 31649650; 18547048; 19188332; 25575009; 26572066; 18917327; 19472703; 32340189; 33513119; 9234067; 9447486; 34025648; 35554047; 18556048; 19320100; 26338095; 27459093; 17851721; 18428983; 34468920; 35786872; 14203374; 14709491; 22971601; 23806521; 30626132; 31849826; 26005706; 27147816; 25781205; 26577916; 41155973; 42784641; 26062292; 26823621; 23685048; 24514969; 29327763; 30187605; 24970830; 26078791; 34472705; 35990046; 31958643; 33522500; 18822161; 18930270; 25132841; 26141437; 21039776; 21579370; 21114713; 21921407; 25438184; 26221909; 23245667; 24216269; 40155029; 41618814; 18844135; 18478419; 36855273; 38161329; 30306272; 31044100; 59152504; 61837950; 30618130; 31372313; 32761096; 34098834; 26242454; 26999502; 18221459; 17691795; 37288763; 38056920; 24219664; 25060271; 24584163; 25127343; 27954251; 29060387; 28346170; 29057369; 23907931; 24598830; 20479417; 21083977; 17233220; 17745724; 8779182; 8444377; 17076916; 17530054; 16976586; 17353154; 21528431; 22254174; 16179002; 16662990; 14618961; 14364348; 14890931; 15316351; 20415533; 21071461; 20237336; 20915774; 33156962; 33895624; 15863551; 16470289; 27687558; 28106381; 15563553; 16124225; 21499913; 22021494; 28203121; 29286987; 16284326; 16794718; 41874943; 43122580; 15676310; 16020737; 41378748; 42465071; 35094997; 35938969; 16085318; 16742906; 23413516; 23990630; 15478627; 16003873; 23587002; 24191783; 16744296; 17300258; 27299480; 28151055; 13432693; 14274178; 26804786; 27605958; 16292158; 16990164; 32479640; 33112190; 44804515; 46409117; 17715044; 18079924; 15134516; 15682000; 20409467; 20908062; 14487059; 15100422; 16448067; 17090464; 19843226; 19665175; 14013893; 14544676; 24009373; 24667968; 12871259; 13324590; 24103625; 24733795; 19577434; 20575892; 33032575; 34330003; 18139218; 18899608; 26839471; 27647003; 16598664; 17179306; 30018251; 30833598; 4752673; 4764975; 23231182; 23682240; 14688036; 15238721; 27221439; 28008818; 25699969; 26577802; 30158006; 29830366; 24021661; 24552677; 30827197; 31723242; 26736477; 27516988; 33782990; 34993994; 25820289; 26752224; 23393097; 24019786; 26288100; 27206134; 13981439; 13873289; 31121047; 32093390; 25071354; 25645637; 22966743; 23562550; 29756663; 30571918; 6870877; 6654843; 29042491; 29806871; 16827594; 17494827; 37628651; 38714211; 25559900; 26402441; 26719923; 27575249; 21455525; 22001648; 19436713; 20196608; 30286800; 31261324; 15077509; 15482402; 26182051; 27003179; 3882480; 3761050; 34016320; 34932982; 15263363; 15895614; 32054337; 33138727; 29506177; 30363470; 18228410; 17895452; 24982106; 25682039; 16869338; 17198268; 31968044; 32724406; 21143577; 21550305; 15675042; 15731644; 19947867; 20376769; 26664315; 27449412; 19936221; 20403783; 24992908; 25515845; 17687945; 18045892; 29134554; 29935306; 30195658; 31345421; 27161376; 27887530; 26939771; 27879312; 30228819; 31239239; 24205700; 24958098; 31470230; 32810777; 16864111; 17697529; 22592214; 22526096; 19267432; 20135213; 44734771; 46100574; 35115159; 36389323; 20863245; 21550269; 23030242; 23876345; 27644563; 28554757; 20150567; 20955271; 39322008; 40280859; 27131261; 28079208; 40714375; 41609132; 24214514; 24957198; 40763823; 41829570; 25248281; 25844331; 60467713; 62457382; 30269158; 31525394; 31045012; 32128621; 30539643; 31766264; 24729688; 23883901; 34441805; 35557149; 29829374; 30551128; 24404090; 25088400; 29906233; 30899642; 24686144; 25595991; 21670002; 22231645; 24724497; 25570584; 19559159; 20088960; 21073869; 21683604; 15984931; 16415806; 37947665; 39224618; 18160428; 18816910; 28963591; 30260414; 13428195; 13904028; 27872063; 28912544; 16002108; 16421369; 29032733; 29913998; 8087095; 7927317; 21194721; 21869990; 13527330; 13952148; 35234697; 36489999; 23026645; 23809780; 18695768; 19565068; 19918321; 20547101; 13821175; 14441605; 19272827; 19826374; 19025267; 19812408; 25110210; 26081893; 25126461; 26631133; 26287387; 27210771; 28235628; 29560366; 24722021; 25546101; 30105812; 31399658; 11425237; 11370673; 15190459; 15850495; 20837576; 21573361; 15811674; 16592915; 25021804; 25777380; 45321118; 47103613; 24645008; 25115441; 24203497; 25125182; 40863759; 42133094; 2181752; 2112438; 26643490; 27799126; 19417741; 20314083; 26877854; 27828460; 16648427; 17293617; 43311080; 44486512; 30754131; 31561020; 23185878; 23910465; 31770580; 32864200; 7248711; 6885473; 27227281; 28176974; 35502291; 36443835; 21845157; 22277795; 27667654; 28469023; 19841335; 20291669; 43120434; 44459150; 23326977; 23876730; 42558525; 44075192; 23481553; 23993836; 31522099; 32575977; 22879098; 23603931; 42198076; 43337704; 22970090; 23369648; 24893998; 25711926; 6255576; 5854920; 25377092; 26212792; 20688291; 21239761; 27347340; 29345243; 22276220; 22978200; 28470107; 29399087; 22395599; 23183968; 24829337; 25519987; 20540093; 21377024; 30791276; 31755904; 8306421; 8247400; 26087359; 26836003; 29441405; 30426250; 27192764; 27905413; 14861621; 15935642; 41480566; 43286747; 22360187; 23457899; 44347670; 45993831; 23469053; 24396322; 43782757; 45161361; 20971904; 21880369; 21723639; 22401746; 23966387; 25197568; 26154661; 27107338; 24352273; 24903078; 24029476; 24608231; 9635789; 9295141; 29199713; 29782220; 31048188; 32107703; 31807747; 32793015; 31154329; 31995898; 31744499; 32694162; 36209141; 37131383; 32342889; 33153970; 20311208; 20798501; 22337015; 22892043; 25943530; 26802145; 22799187; 23484806; 38302930; 39025166; 25100022; 25764712; 34236133; 35279994; 29274874; 30016414; 27634918; 27191545; 30610129; 31530538; 676250; 678738; 25239580; 25938876; 31482308; 32262993; 31294101; 32065266; 21157644; 21742776; 16715334; 17159497; 27229530; 28124631; 22027211; 22758508; 45128391; 46042139; 20187400; 20892504; 33706871; 34433255; 18250065; 19029170; 24293181; 24832530; 15637945; 16332587; 30104889; 31089303; 36099977; 38461361; 49635351; 50794988; 25929266; 27073798; 24530249; 25487112; 12989085; 13654742; 32189073; 33095192; 50855509; 52665441; 15858726; 16274412; 27143139; 28040211; 21286832; 21939530; 21125552; 21977923; 21835072; 22634154; 35393308; 36806906; 21295077; 22021872; 29209930; 30399539; 12033469; 11648798; 36240937; 37437409; 14626371; 15090220; 25020054; 25615481; 22113521; 22812471; 26045741; 26987010; 24210758; 24573741; 13388770; 13003728; 31945585; 32700600; 30306617; 31147470; 35195252; 36227287; 28077890; 29217324; 33059346; 33991476; 24175905; 25135790; 29624332; 30233063; 24497435; 25132570; 22097100; 22712950; 20690404; 21421223; 5644924; 5432505; 23142717; 24079967; 28584073; 29115992; 33466394; 34289196; 20835005; 21474670; 22440513; 22758305; 23345372; 24026207; 6839717; 6453370; 23908180; 24833006; 31690940; 32668617; 21941741; 22753889; 32270831; 33213748; 24152512; 24906866; 45223988; 46116208; 15107570; 15562744; 23600023; 24151811; 18224586; 18774171; 28186693; 28921462; 45318711; 47425094; 24635209; 25157356; 17582463; 18309776; 14692999; 14998169; 25304561; 26335260; 18467259; 18963563; 40671364; 43931600; 9103364; 8888566; 14543869; 15317506; 15298816; 15786897; 5882479; 5862747; 23441764; 23767372; 16579879; 17304480; 12286339; 12585788; 18327653; 19276322; 35162295; 35804544; 28724322; 29689073; 24085538; 24541006; 16584373; 17080681
Version 1.0
Discipline Agriculture, Forestry, Horticulture; Agricultural Sciences; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture and Veterinary Medicine; Life Sciences
Spatial Coverage Lusignan, France