Phenotypic trait and dendrometric data (1971-2023) for Pinus nigra Arn., the European black pine, from French common gardens

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Data on mortality, height and radial growth (diameter and annual tree rings), architecture and health from measurements and observations from common gardens covering most representative French bioclimates over the period 1971 - 2023. This type of data can be used to test genetic diversity, phenotypic plasticity and local adaptation of life-history traits linked to selective value (fitness) as a function of various soils and local climates. The European black pine, Pinus nigra Arnold, 1785, is composed of several recent, post-glacial evolutionary lineages, corresponding fairly-well to the subspecies classically recognized by botanists: Pinus nigra salzmannii (Dunal) Franco, 1943, in North Africa, Spain and France, P.n. laricio (Poir.) Maire, 1928, in France and Italy, P.n. nigra (nigricans, Host, 1827) throughout Central Europe and the western Balkans, P.n. dalmatica (Vis.) Franco, 1943, on the Dalmatian coast in Croatia, P.n. pallasiana (Lamb.) Holmboe, 1914, with a genetic group in the eastern Balkans, Greece, Turkey and Ukraine and a separate group in Cyprus (Scotti-Saintagne et al. 2019, https://hal.inrae.fr/hal-02465935v1). This hardy, often fast-growing conifer species has been widely planted throughout Europe since the end of the 19th century. The dataset explores the phenotypic variability of over 150 provenances and families within provenances, from the entire native range and representing well the material introduced in France and other countries. The common gardens from which the data are derived belong to the GEN4X (Forest genetics for research and experimentation) network of INRAE, a service of the IN-Sylva-France research infrastructure (https://in-sylva-france.hub.inrae.fr/services/in-situ/reseau-gen4x). The common gardens, installed between 1968 and 1981, are mostly located in public forests, under contract with the Office National des Forêts. In addition to the data files themselves (one per common garden, each containing between 1648 and 10109 individuals), the publication contains two tables describing the genetic units ("Desciption genotypes") and the common gardens ("Description jardins communs"). The common garden code numbers are built according to rules established by the GEN4X network, and are available in the publication: https://doi.org/10.57745/VRG8TI. The variables in these two "description" files are described in the "readme_Description" text file. The publication also contains a "readme_data Pinus nigra" text file describing the variables presented in each of the data files. This "readme_data Pinus nigra" file contains the headers of the data files in the format used for integration into the INRAE information system that manages the different versions of the files. These headers include the list of variables and all information necessary to analyze the data (date, operator, variable type, comment, meaning of codes used for missing or non-measurable data). The "readme_data Pinus nigra" file also contains a summary of the main abbreviations used in the comment columns. The publication also contains climate data for each of the four sites, spanning several decades (maximum 1958-2013) that can be used to analyze growth climate relationships. There are four climate tabular data files (Climate_data_SiteName) and one text metadata file (Readme_climate_data_Pinus_nigra).

Données de mortalité, de croissance en hauteur et en diamètre (sur cernes), d'architecture et d'état sanitaire issues de mesures et observations en jardins communs répartis dans l'ensemble des bioclimats français sur la période 1971 - 2023. Ce type de données peut être utilisé pour tester la diversité génétique, la plasticité phénotypique et l'adaptation locale de traits d'histoire de vie reliées à la valeur sélective (fitness) en fonction de divers sols et des climats locaux. Le pin noir européen, Pinus nigra Arnold, 1785, se compose de plusieurs lignées évolutives récentes, post-glaciaires, correspondant assez bien aux sous-espèces classiquement reconnues par les botanistes : Pinus nigra salzmannii (Dunal) Franco, 1943, en Afrique du Nord, Espagne et France, P.n. laricio (Poir.) Maire, 1928, en France et en Italie, P.n. nigra (nigricans, Host, 1827) dans toute l'Europe centrale et l'ouest des Balkans, P.n. dalmatica (Vis.) Franco, 1943, sur la côte dalmate en Croatie, P.n. pallasiana (Lamb.) Holmboe, 1914, avec un groupe génétique dans l'est des Balkans, en Grèce, en Turquie et en Ukraine et un groupe distinct à Chypre (Scotti-Saintagne et al. 2019, https://hal.inrae.fr/hal-02465935v1). Cette espèce est rustique, souvent à croissance rapide, et a été largement planté dans toute l'Europe dès la fin du XIXème siècle. Le jeu de données explore la variabilité phénotypique de plus de 150 provenances et descendances issues de l'ensemble de l'aire de répartition autochtone et représentatives des matériels introduits en plantation, notamment en France. Les jardins communs desquels sont issues les données appartiennent au réseau GEN4X (GENétique FOrestière pour la Recherche et l'eXpérimentation) d'INRAE, un service de l'infrastructure de recherche IN-Sylva-France (https://in-sylva-france.hub.inrae.fr/services/in-situ/reseau-gen4x). Les jardins communs, installés entre 1968 et 1981, sont situés pour la plupart en forêt publique, par convention avec l'Office National des Forêts. Outre les fichiers de données eux mêmes (un par jardin commun, comprenant chacun entre 1648 et 10109 individus), la publication contient deux tableaux décrivant, l'un les unités génétiques comparées ("Desciption genotypes") et l'autre, les jardins communs ("Description jardins communs"). Les codes des dispositifs sont construits selon des règles établies par le réseau GEN4X, et accessibles dans la publication : https://doi.org/10.57745/VRG8TI. Les variables des deux fichiers "description" sont décrites dans le fichier texte "readme_Description". La publication contient aussi un fichier texte "readme_data Pinus nigra" qui décrit les variables présentées dans chacun des fichiers de données. Ce fichier "readme_data Pinus nigra" contient les entêtes des fichiers de données au format utilisé pour l'intégration des données dans le système d'information INRAE qui assure le versionnage. Ces entêtes reprennent la liste des variables et apportent toutes les informations nécessaires pour comprendre les variables (date, opérateur, type de variable, commentaire, signification des codes utilisés pour les données manquantes ou non mesurables). Le fichier "readme_data Pinus nigra" contient aussi récapitulatif des principales abréviations utilisées dans les colonnes de commentaires. La publication contient également des données climatiques pour chacun des quatre sites, couvrant plusieurs décennies (maximum 1958-2013) qui peuvent être utilisées pour analyser les relations croissance-climat. Il y a quatre fichiers de données climatiques tabulaires (Climate_data_SiteName) et un fichier texte de métadonnées (Readme_climate_data_Pinus_nigra).

These common gardens belong to the INRAE Forest genetics network for research and experimentation (GEN4X). GEN4X is part of the IN-SYLVA France Research Infrastructure (https://doi.org/10.15454/1A0P-HE21).

Ces jardins communs font partie du réseau INRAE de Génétique forestière pour la recherche et l'expérimentation (GEN4X). GEN4X est référencé au sein de l'Infrastructure de Recherche IN-SYLVA France (https://doi.org/10.15454/1A0P-HE21).

Identifier
DOI https://doi.org/10.57745/SKPSYI
Metadata Access https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.57745/SKPSYI
Provenance
Creator Fady, Bruno ORCID logo; Vauthier, Denis; Rei, Franck; Scotti-Saintagne, Caroline ORCID logo; Veisse, Dominique; Bernier, Frédéric; Severin, Laurent
Publisher Recherche Data Gouv
Contributor Fady, Bruno; Durel, Charles-Eric; Dumas, Pierre-Jean; Legroux, Pierre; Bonne, Fabrice; Jouaud, Bruno; Faucher, Marc; Severin, Laurent; Jolly, Henry; Jean, Florence; Giovannelli, Guia; Guibal, Frédéric; Pommery, Jean; Rei, Franck; Vauthier, Denis; Simmer, Patrick; Vernier, Michel; Beck, Simon; Walter, Jean-Claude; Herbeck, Roland; Schmitt, Michel; Félix, Pascal; Rousselet, Vincent; Nassau, Alain; Paul, Thierry
Publication Year 2024
Rights etalab 2.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; https://spdx.org/licenses/etalab-2.0.html
OpenAccess true
Contact Fady, Bruno (INRAE-URFM)
Representation
Resource Type Dataset
Format text/tab-separated-values; text/plain
Size 2775773; 1269292; 1036044; 403970; 882414; 1052601; 997363; 371588; 1042352; 161547; 1594185; 1270034; 1684298; 1688302; 18892; 4363; 2486; 119552; 7342
Version 2.0
Discipline Agriculture, Forestry, Horticulture; Geosciences; Agricultural Sciences; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture and Veterinary Medicine; Earth and Environmental Science; Environmental Research; Life Sciences; Natural Sciences; Plant Breeding