De twee burchten van Kuinre kunnen, samen met het voormalige eiland Schokland, tot de meest markante relicten uit het verleden van de Noordoostpolder worden gerekend. De sporen van de burchten zijn in het eerste decennium na de drooglegging van de polder archeologisch onderzocht en genieten beide vanaf 1978 de status van archeologisch monument. De eerste burcht is in 1948 gedeeltelijk gereconstrueerd. In 1988 is de reconstructie aangepast.
Sinds kort is er, mede naar aanleiding van de in het Poldermuseum Nieuw Land te Lelystad gehouden tentoonstelling 'Kuinre: Bagdad van het Noorden', hernieuwde belangstelling voor de burchten. Dit heeft ertoe geleid dat de Stichting Burcht(en) van Kuinre is opgericht. Deze stichting heeft zich tot doel gesteld om, in het kader van de toeristische ontwikkeling van het oostelijke deel van de Noordoostpolder, te komen tot een eventuele reconstructie en herbouw van de burcht(en).
Aangezien er over de aard en bouw van de burchten, hun gebruik en de wijze waarop ze zijn verdwenen weinig zekerheid bestaat, is ervoor gekozen in het kader van de mogelijke herbouw van beide burchten nieuw wetenschappelijk onderzoek te verrichten. Dit onderzoek heeft een interdisciplinair karakter en bestaat uit twee delen: het Sociaal Historisch Centrum voor Flevoland bestudeert de schriftelijke bronnen en de Rijksdienst voor het Oudheidkundig Bodemonderzoek (ROB) voert kleine archeologische opgravingen uit en combineert de uitkomsten daarvan met een herinterpretatie van de vroegere opgravingsgegevens van Modderman uit 1943 en Van der Heide uit 1951. In de maanden oktober en november van 1999 heeft de ROB beide burchtterreinen archeologisch onderzocht.
In het verleden is gesuggereerd dat de Kuinder burchten tot het type mottekasteel kunnen worden gerekend, maar dit is recentelijk in twijfel getrokken. Daarnaast was niet bekend of er bij de burchten een voorburcht aanwezig was. Het doel van het onderzoek was dan ook om hierover informatie te verzamelen. Op basis van deze nieuwe gegevens en de herinterpretatie van de oude opgravingsgegevens kan de cultuurhistorische waarde van de burchten worden verduidelijkt en een verantwoorde presentatie van die waarden worden onderbouwd.
Het onderzoek had voor de ROB een tweede doel. Het onderzoek op beide burchtterreinen bood de mogelijkheid aanvullende informatie te verzamelen over de conservering van beide archeologische monumenten. Er waren namelijk aanwijzingen dat vooral de resten van burcht II door het huidige grondgebruik werden aangetast. Bij de uitwerking zijn tevens de gegevens van het noodonderzoek, dat in februari 1999 door de ROB op het bedrijventerrein ten noorden van de tweede burcht is uitgevoerd, betrokken.
Tijdens de opgraving bij burcht I zijn, buiten de reeds door Modderman onderzochte grachten, nog vier andere concentrische grachten aangetroffen. Herinterpretatie van de opgravingsgegevens van Modderman heeft uitgewezen dat rond het middenterrein niet, zoals hij veronderstelde, twee grachten lagen, maar drie. Het tracé van de grachten en de vondst van enkele verbindingsgrachten lijken erop te wijzen dat er aan de zuidzijde van het complex mogelijk een voorburcht aanwezig is. Dit gedeelte van het terrein kon in verband met het aanwezige bos niet verder worden onderzocht, zodat de preciese ligging en de bebouwing van de voorburcht vooralsnog onduidelijk blijven. Het oudste vondstmateriaal van burcht I dateert uit de tweede helft van de 12e eeuw en kan in verband worden gebracht met de eerste aanleg van de versterking. De versterking lag op de westelijk oever van de rivier de Kuinder of Tjonger. Mogelijk begon het complex als motte, maar werd in het begin van de 13e eeuw getransformeerd tot een ronde of polygonale burcht. Het meeste aardewerk dateert uit de tweede helft van de 13e eeuw en houdt waarschijnlijk verband met deze tweede fase. Op basis van enkele grondsporen en het daaruit afkomstige vondsmateriaal kan gesteld worden dat het complex tot in het derde kwart van de 14e eeuw in gebruik is gebleven. Er zijn aanwijzingen dat vernatting een rol heeft gespeeld bij de opgave van de eerste burcht.
In de periode tussen 1350 en 1375 werd ongeveer 600 meter ten noordoosten van de eerste burcht, op de andere oever van de rivier, een nieuwe burcht gebouwd.
Op het terrein van deze tweede burcht zijn zeven concentrische grachten aangetroffen, waarvan de binnenste een rond terrein met een diameter van 45 m omsloot. Op basis van de versnijdingen, het vondstmateriaal en de vullingen van de grachten zijn drie fasen te onderscheiden. In de eerste fase (14e eeuw) bestond het complex uit een rond terrein met een diameter van 45 m, waar vier concentrische grachten omheen lagen. Omdat op het middenterrein een in het veen gedrukt natuurlijk kleipakket bewaard is gebleven, kan geconcludeerd worden dat hier een heuvel gelegen moet hebben. Aan de rand van de heuvel zijn resten van een cirkelvormige paalstelling gevonden die waarschijnlijk niet alleen als grondkering van het aardlichaam, maar ook als beschoeiing van de gracht heeft gediend. Aan de zuidoostzijde is een aantal sporen gevonden die tot een brug hebben behoord.
In fase 2 (14d/15a-16e eeuw) werden de grachten uit fase 1 gedempt. Rond het middenterrein werden drie nieuwe grachten gegraven waarvan de binnenste 15 m breed was. In de binnenste gracht zijn een aantal palen van een houten brug gevonden die het middenterrein met de zone tussen de eerste en tweede gracht verbond.
Er zijn geen aanwijzingen gevonden voor de aanwezigheid van een voorburcht waarvan in de geschreven bronnen melding wordt gemaakt. Mogelijk bevindt die zich op één van de terreinen waar geen onderzoek kon worden verricht.
In het begin van de 16e eeuw (fase 3) werd aan de westzijde van het complex een aantal paalstellingen opgericht. In deze paalstellingen kunnen minimaal drie, maar mogelijk vier fasen worden onderscheiden. Eén van de palen van een van de paalstellingen leverde een dendro-datering van 1516 +- 6 op. De functie van de houtconstructies is niet geheel duidelijk. Mogelijk hebben ze als waterkering of zeewering dienst gedaan.
Het jongste vondstmateriaal dateert uit de eerste helft van de 16e eeuw. Dit is niet in tegenspraak met de gegevens uit de historische bronnen over de sloop van de burcht.
Het onderzoek heeft aanwijzingen opgeleverd dat waarschijnlijk alleen de eerste burcht, en dan nog alleen in de eerste fase, een mottekasteel kan zijn geweest. Deze oudste fase gaat terug tot in de 12e eeuw. In het begin van de 13e eeuw verrees op het burchtterrein een bakstenen ringmuur en mogelijk naar analogie van andere complexen is daarbij de motte (deels) geslecht en ommuurd. In het midden van de 13e eeuw hebben mogelijk een zestal grachten het burchtterrein omsloten. De burcht kan op basis van de morfologische ontwikkeling tot het type ronde of polygonale kastelen worden gerekend. Dit is gezien de datering van deze mogelijke tweede fase niet verwonderlijk, hoewel een dergelijk kasteeltype met zes grachten in Nederland uitzonderlijk te noemen is.
Bij de opgraving is gebleken dat ook de tweede burcht een ronde vorm en een verhoogd binnenterrein heeft gehad. Op basis van de grondsporen kan geconcludeerd worden dat de tweede burcht waarschijnlijk geen motte was, maar ook tot de ronde of polygonale kastelen moet worden gerekend. Dit is opmerkelijk omdat dit kasteeltype in Nederland in de 14e eeuw vrijwel niet meer voorkwam.
De reden voor de keuze van dit kasteeltype is niet geheel duidelijk. Wellicht moet deze archaïsche vormgeving van de burcht worden opgevat als symbool voor status en continuïteit. Dit is in het geval van de heren van Kuinre mogelijk het geval aangezien de burcht voor hen het stamslot was. De hoofdvorm bleef tot in de 16e eeuw gehandhaafd. In het begin van de 15e eeuw was het kasteel in de handen van de bisschop van Utrecht gekomen, maar deze liet de vorm ongewijzigd. Dit is in tegenspraak met vermeldingen in de historische bronnen die lijken te suggereren dat het kasteel opnieuw is gebouwd. Waarschijnlijk heeft de bisschop om financiële redenen gekozen voor een verbouwing in plaats van nieuwbouw waarbij ongetwijfeld voor een voor die tijd modern kasteeltype zou zijn gekozen.
