Olika mönster mellan genetisk variation och lokal anpassning hos tall - Resultatsprotokoll från frystet av fröplantorna

DOI

In this study, we sampled 54 Scots pine populations from the Norwegian coast over the Arctic Circle to western Russia covering 47.3 longitudes or more than 1/8th of the earth’s circumference, which represents the most comprehensive coverage of Northern Europe to date. We inferred variation in autumn phenology and dormancy progression from freeze hardiness tests conducted on >5000 seedlings, of which >900 seedlings from 24 populations were genotyped using genotyping-by-sequencing (GBS). Our main goal was to evaluate adaptive responses in Scots pine at phenotype and genotype levels. Evaluation of cold hardiness along environmental and geographical gradients would contribute to an understanding of the performance of these gradients for predicting freeze damage levels. The genotype data allow evaluation of genetic variance across landscapes and thus shed light on the degree of genetic-environmental association and the recolonization history of Scots pine in Scandinavia. The resulting damage levels (Damage) from exposing seedlings to freezing temperature. The damage levels were scored between 1 to two weeks after exposure to allow discoloration. A 0 damage level meant no discoloration while 6 was completely discolored or dead. Damage levels were rank normalized (DamageN) across replications (Repl).

I den här studien undersökte vi den lokala anpassningen av tidspunkten för invintring och den genetiska variationen hos naturligt tallbestånd i norra Europa. Det geografiska området av studien sträcker sig från Norge i väster till och Komi-regionen i västra Ryssland fram till Uralbergen. Drygt 5000 frön från 56 populationer såddes upp och utsattes för frystemperaturer för att skatta deras frosttolerans och variationen i egenskapen över det geografiska området av denna studie. Från 24 av dessa 56 populationer samlades barr för att extrahera DNA till genotypning för att också kvantifiera den genetiska variationen hos tall i norra Europa och för att undersöka om det finns en tydlig populationsstruktur. Dessutom skulle det studeras om det finns spår av lokal anpassning i den del av genomet som sekvenserades och om dessa spår går att koppla till variationen i frosttolerans. Fröplantornas skadegrad (Damage) skattades till ett värde mellan 0 (ingen skada) till 6 (död) denna skadegrad normaliserades sedemera med ranknormalisering (DamageN) över alla replikat (Repl).

Identifier
DOI https://doi.org/10.5878/7pt2-ja36
Metadata Access https://datacatalogue.cessda.eu/oai-pmh/v0/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_ddi25&identifier=2e7704f0ecda1159d2c7555e0689f3a0bd93325acfacadb57f54ba0afaa09cb5
Provenance
Creator Hall, David
Publisher Swedish National Data Service; Svensk nationell datatjänst
Publication Year 2021
Rights Access to data through SND. Data are freely accessible.; Åtkomst till data via SND. Data är fritt tillgängliga.
OpenAccess true
Contact https://snd.gu.se
Representation
Language English
Discipline Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture and Veterinary Medicine; Biology; Biospheric Sciences; Ecology; Forestry; Geosciences; Life Sciences; Natural Sciences