Phenotypic trait data (1972-2023) for the Mediterranean firs Abies cephalonica and A. borisii-regis from eight French common gardens

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Données de mortalité, de croissance, de production de cônes, de phénologie du débourrement végétatif, d'architecture et d'état sanitaire issues de mesures et observations dans huit jardins communs situés dans le sud de la France sur la période 1972 - 2023. Les espèces cibles, objets des mesures et observations sont le groupe des sapins de Grèce : Abies cephalonica Loudon 1838 et A. borisii regis Mattfeld 1925. Ces sapins sont adaptés aux conditions de climat méditerranéen du sud de la France et ont un fort intérêt pour la diversification des forêts européennes dans le cadre du changement climatique. Divers autres sapins méditerranéens sont présents à titre de témoins et de références dans les dispositifs expérimentaux mesurés : Abies bornmuelleriana Mattf.1925, le sapin de Turquie, A. nordmanniana (Steven) Spach 1841, le sapin du Caucase, A. concolor (Gordon & Glend.) Lindl. ex Hildebr. 1861, le sapin du Colorado, A. pinsapo Boiss. 1838, le sapin d'Andalousie, et A. numidica de Lannoy ex Carrière 1866, le sapin de Numidie. Le cèdre de l'Atlas Cedrus atlantica (Endl.) Manetti ex Carrière 1855, est aussi présent à titre de témoin. Les forêts dont sont originaires les unités génétiques présentes dans les jardins communs (18 provenances d'Abies cephalonica dont 5 subdivisées en descendances dans deux sites et 4 provenances d'A. borisii regis) sont décrites dans la publication: doi:10.4267/2042/26403. Les huit jardins communs desquels sont issues les données appartiennent au réseau GEN4X (GENétique FOrestière pour la Recherche et l'eXpérimentation) d'INRAE, un service de l'infrastructure de recherche IN-Sylva-France (https://in-sylva-france.hub.inrae.fr/services/in-situ/reseau-gen4x). Les jardins communs, installés entre 1970 et 1981, sont situés en forêt publique, par convention avec l'Office National des Forêts. Outre les 8 fichiers de données eux mêmes (un par jardin commun, comprenant chacun entre1932 et 6327 individus), la publication contient deux tableaux décrivant, l'un les unités génétiques comparées ("Description provenances") et l'autre, les jardins communs ("Description jardins communs"). Les codes des dispositifs sont construits selon des règles établies par le réseau GEN4X, et accessibles dans la publication : https://doi.org/10.57745/VRG8TI. Les variables de ces deux fichiers sont décrites dans le fichier texte "readme_Description". La publication contient aussi un fichier texte "readme_data" qui décrit les variables mesurées dans chacun des fichiers de données. Ce fichier "readme_data" contient les entêtes des fichiers de données utilisés pour l'intégration dans notre système d'information. Ces entêtes reprennent la liste des variables et apportent quelques informations (date, opérateur, type de variable, commentaire, signification des codes utilisés pour les données manquantes ou non mesurables). Le fichier "readme_data" contient aussi récapitulatif des principales abréviations utilisées dans les colonnes de commentaires. Ce type de données peut être utilisé pour tester la diversité génétique, la plasticité phénotypique et l'adaptation locale de traits d'histoire de vie reliées à la valeur sélective (fitness) en fonction de divers sols et des climats locaux.

Phenotypic trait data on mortality, growth, cone production, bud phenology, architecture and health status from measurements and observations in eight common gardens in southern France over the period 1972 - 2023. The target species in these common gardens are the Greek fir species: Abies cephalonica Loudon 1838 et A. borisii regis Mattfeld 1925. These firs are adapted to the Mediterranean climate of southern France and are of great interest for the diversification of European forests in the context of climate change. Various other Mediterranean firs are present as controls and references in the experimental sites measured: Abies bornmuelleriana Mattf.1925, the Turkish fir, A. nordmanniana (Steven) Spach 1841, the Caucasus fir, A. concolor (Gordon & Glend.) Lindl. ex Hildebr. 1861, the Colorado fir, A. pinsapo Boiss. 1838, the Spanish fir, and A. numidica de Lannoy ex Carrière 1866, the Algerian fir. The Atlas cedar Cedrus atlantica (Endl.) Manetti ex Carrière 1855, is also present as control in these tests. Forests from which provenances and their maternal progeny come from (18 provenances of Abies cephalonica with 5 with half-sib progenies in two sites and 4 provenances of A. borisii regis) are described in the following publication: doi:10.4267/2042/26403. The eight common gardens where data were collected belong the INRAE GEN4X (Forest genetics network for research and experimentation) network, a service of the research infrastructure IN-Sylva-France (https://in-sylva-france.hub.inrae.fr/services/in-situ/reseau-gen4x). The common gardens, planted between 1970 and 1981, are located in public forests under an agreement with the Office National des Forêts.
In addition to the 8 data files themselves (one per common garden, each containing between 1932 and 6327 individuals), the publication contains two tables describing the genetic units ("Description provenances") and the common gardens ("Description jardins communs"). Common garden codification is according to the rules established by the GEN4X network, and available in the publication: https://doi.org/10.57745/VRG8TI. The variables in these two files are described in the "readme_Description" text file. The publication also contains a "readme_data" text file which describes the variables measured in each of the data files. This "readme_data" file contains all the headers of the data files, with the list of variables and additional information (date, operator, variable type, comment, meaning of codes used for missing or non-measurable data). The "readme_data" file also contains a summary of the main abbreviations used in the comment columns. This type of data can be used to test for genetic diversity, phenotypic plasticity and local adaptation of fitness related traits under varying local soils and climates.

These common gardens belong to the INRAE Forest genetics network for research and experimentation (GEN4X). GEN4X is part of the IN-SYLVA France Research Infrastructure (https://doi.org/10.15454/1A0P-HE21).

Ces jardins communs font partie du réseau INRAE de Génétique forestière pour la recherche et l'expérimentation (GEN4X). GEN4X est référencé au sein de l'Infrastructure de Recherche IN-SYLVA France (https://doi.org/10.15454/1A0P-HE21).

Identifier
DOI https://doi.org/10.57745/XEYITB
Related Identifier https://doi.org/10.4267/2042/26403
Related Identifier https://doi.org/10.1051/forest:19910106
Related Identifier https://doi.org/10.1007/BF00202432
Related Identifier https://doi.org/10.1139/x90-192
Metadata Access https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/oai?verb=GetRecord&metadataPrefix=oai_datacite&identifier=doi:10.57745/XEYITB
Provenance
Creator Fady, Bruno ORCID logo; Vauthier, Denis; Rei, Franck; Scotti-Saintagne, Caroline ORCID logo
Publisher Recherche Data Gouv
Contributor Fady, Bruno; Rei, Franck; Vauthier, Denis; Brunetto, William; Mariotte, Nicolas; Gilg, Olivier; Jean, Frédéric; Dumas, Pierre-Jean; Jouineau, Arnaud; Pommery, Jean; Jolly, Henry
Publication Year 2024
Rights etalab 2.0; info:eu-repo/semantics/openAccess; https://spdx.org/licenses/etalab-2.0.html
OpenAccess true
Contact Fady, Bruno (INRAE-URFM)
Representation
Resource Type Dataset
Format text/tab-separated-values; text/plain
Size 1295789; 1189623; 1150027; 383576; 205914; 520155; 1383201; 358288; 4507; 5462; 57247; 8315
Version 1.0
Discipline Agriculture, Forestry, Horticulture; Geosciences; Agricultural Sciences; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture; Agriculture, Forestry, Horticulture, Aquaculture and Veterinary Medicine; Earth and Environmental Science; Environmental Research; Life Sciences; Natural Sciences; Plant Breeding