In december 2013 heeft BAAC bv een bouwhistorisch en archeologisch onderzoek uitgevoerd op het terrein van de Sint-Clemenskerk in Oud Merkelbeek. Het archeologisch onderzoek betrof een Inventariserend Veldonderzoek door middel van proefsleuven. Tijdens het onderzoek is gebleken dat de geschiedenis van de kerk waarschijnlijk teruggaat tot in de 11e eeuw. In de eeuwen daarop volgend heeft het kerkgebouw verschillende gedaantewisselingen ondergaan. Bovendien zijn enkele graven gedocumenteerd.

Bodemopbouw De bodemopbouw laat zien dat de Sint-Clemenskerk op de rand van een terrasplateau ligt dat door de mens in het verleden een kleine meter is opgehoogd. De bovenste 45 cm van de ophoging bestaat uit een(sub) recente, natuursteenrijke verharding. Daaronder is een oudere ophooglaagaangetroffen. Resten die gerelateerd kunnen worden aan de (oudere) bouwfases van de Sint-Clemenskerk uit de late middeleeuwen en/of nieuwe tijd kunnen vanaf dit niveau worden aangetroffen. Onder het ophoogpakket bestaat de bovenste 3 m van het plateau uit een pakket löss, waarbij in de basis grind behorende tot de Formatie van Sterksel aanwezig is.

In de richting van de Merkelbeker Beek bestaat de bodemopbouw uit een circa 1 m dik pakket colluvium, waaronder löss voorkomt. Hier is sprake van de matig steile, noordwestelijke helling van het dal van de Merkelbeker Beek. De top van het colluviale dek is verstoord door recente sloopwerkzaamheden. Verder in de richting van de Merkelbeker Beek lijkt in de top van het lösspakket mogelijk sprake te zijn van een begraven archeologische niveau. Dit niveau komt voor in de top van het lösspakket en ligt direct onder de recent verstoorde bovengrond op 80 cm beneden maaiveld (–mv).

Het kerkgebouw Het onderzoek in en rond de Sint-Clemenskerk heeft aangetoond dat de geschiedenis van de kerk waarschijnlijk teruggaat tot in de 11e of de 12e eeuw. De kerk was in deze periode opgebouwd uit hergebruikt bouwmateriaal (voornamelijk zandsteen en dakpanfragmenten), waarschijnlijk afkomstig van een Romeinse villa. De tegenwoordig nog bestaande zuidmuur van het schip van de kerk stamt grotendeels uit deze bouwfase. De kerk had in deze eerste fase een totaal ander uiterlijk dan tegenwoordig: het schip was zo’n 3,25 m korter en de toren stond niet op de middenas, maar excentrisch naar het noorden. Of de kerk in deze periode een koor heeft gehad is tijdens dit onderzoek niet aangetoond, maar waarschijnlijk is sprake geweest van een rechtgesloten, versmald koor. Het gebouw had een lemen vloer. Na de vroegste bouwfase lijken eeuwenlang geen veranderingen aan het kerkgebouw plaats te vinden. De eerstvolgende aanwijzingen voor aanpassingen stammen uit de 17e eeuw, toen een zijbeuk aan de noordkant werd toegevoegd. In dezelfde periode, mogelijk naar aanleiding van de bouw van de zijbeuk, werd de vloer opgehoogd, waarna een tweede lemen vloerniveau werd aangelegd. De grootste veranderingen ondergaat het kerkgebouw in het midden van de 18e eeuw. Het schip wordt met zo’n 3,25 m verlengd, er wordt een nieuwe toren gebouwd (deze keer wel op de middenas) en er wordt een nieuw polygonaal koor gebouwd. Tevens wordt de oostgevel van de zijbeuk vervangen. Waarschijnlijk wordt in deze periode ook de huidige vloer aangelegd. In ieder geval wordt het lemen vloerniveau dat in de 17e eeuw in gebruik was verlaten. Van de zijbeuk is bekend dat deze aan het begin van de 20e eeuw is afgebroken.

Begravingen Tijdens het onderzoek zijn op verschillende plaatsen botresten aangetroffen. Voor een groot deel betreft het losse botten uit verstoorde graven. Slechts een viertal graven is in (deels) onverstoorde toestand gedocumenteerd; één buiten en drie binnen de kerk. Eén van de graven binnen de kerk kan op basis van een 14C-datering en de ligging worden geassocieerd met de vroegste fase van de kerk. De andere twee graven die binnen de kerk zijn aangetroffen dateren in de nieuwe tijd. Van het buiten de kerk gelegen graf is de datering niet duidelijk.